Supercomputer
Pavia, 10 gennaio 2021 - Il supercomputer e il colosso farmaceutico Dompé: eccellenze italiane per aiutare nella lotta contro il virus. Nel centro Eni di Sannazzaro, in provincia di Pavia, è stato di recente portato a termine il più complesso esperimento di calcolo molecolare mai realizzato per identificare nuove terapie contro il SARS-CoV2. Il tutto è stato possibile grazie ad HP5C, il cervellone di Eni, che nel corso di 60 ore di elaborazione ha testato le interazioni di 71,6 miliardi di molecole su 15 siti attivi del virus, in quello che di solito viene chiamato "docking molecolare", cioè la ricerca di tutti i possibili legami fra le proteine di un virus e altre molecole già note e presenti in farmaci o prodotti naturali in commercio. Elaborando i risultati si possono individuare molecole "candidate", cioè potenzialmente capaci di attaccare il virus impedendogli di scatenare la propria carica virale.
Il progetto denominato "Fast track phase" – che rientrava nel più ampio progetto europeo "EXSCALATE4CoV" – è stato guidato dall’azienda biofarmaceutica italiana Dompé che, per questo scopo, ha aggregato Eni e altre diciassette tra istituzioni e centri di ricerca in sette Paesi europei. L’obiettivo era quello di avere farmaci più efficaci, già clinicamente testati e quindi disponibili fin da subito. "HPC5 ha una potenza di calcolo di 52 milioni di miliardi di operazioni al secondo – ha spiegato Alberto Delbianco, responsabile della Ricerca e sviluppo downstream di Eni –. Oltre alla sua eccezionale potenza di calcolo, il computer ha una struttura che combina schede di calcolo con schede grafiche; questo lo rende particolarmente efficiente nell’eseguire algoritmi per la simulazione molecolare. Per questa ragione Eni lo ha messo a disposizione della ricerca sul Coronavirus. In Eni applichiamo già queste tecniche per esplorazione, produzione e raffinazione di olio e gas, e più di recente abbiamo utilizzato il supercalcolo e la modellistica molecolare anche per lo sviluppo di tecnologie nel campo delle energie rinnovabili".
Nella prima fase della sperimentazione, dall’inizio del progetto fino a giugno 2020, HPC5 e altri tre supercomputer impegnati nella ricerca hanno condotto test di docking su oltre 400mila molecole. Questa fase del progetto si è conclusa con l’individuazione di una molecola, il Raloxifene, un farmaco usato per la cura dell’osteoporosi, ha dimostrato una potenziale efficacia nel bloccare la replicazione del virus all’interno delle cellule.